교회와 국가 사이에 일어나는 갈등은 신약성서에서 쉽게 볼 수 있는 한 특징이다.
때로 같은 공동체 안에서나 다른 공동체와의 크고 작은 긴장의 형태로 갈등은 유발되는데, 이것은 상대방의 다른 교리, 예배 혹은 도덕관을 그대로 인정함으로써 해결되기도 한다. 그러나 갈등이 결국 분열로 이어지는 경우도 있다.
갈등의 뿌리는 교리 혹은 도덕관에서 유래한다.
현대에 이르러 종교계에서는 심리학적이고 사회적인 차원의 갈등을 더욱 인식하게 되었다. 1949년 도드(C.H. Dodd)는 WCC에 보낸 편지에서 교회의 갈등에 “비신학적인 요소”가 내재되어 있음을 환기시켰다.
이런 이식은 제도화에 관한 연구와 교회 안에서의 갈등과 연합을 인류 안에 존재하는 갈등과 공동체의 문제로 인식해야 한다는 데서 나오게 되었다.
그러나 최근 10년 동안 국제적, 사회적 이데올로기적인 갈등의 심화됨으로써 교회와 에큐메니칼 운동은 점차 신학, 윤리, 사회 문제 등에 대해 나름대로 확실한 입장을 표혐해야 했다.
독일의 나치주의(참조. 고백교회) 혹은 아프르트헤이트(인종차별 정책) 같은 극단적인 경우, 교회는 전혀 화해할 수 없는 깊은 갈등을 경험하기도 했다. 때로는 서로 다른 견해를 갖는다는 것이 정당한 것임을 인정하고, 그 다른 입장으로 인해 생긴 긴장 상태를 그대로 유지해야 할 경우도 있다(폭력과 비폭력의 문제, 평화주의, 의로운 전쟁과 같은 경우).
교회는 때로, 신학적인 골격을 제공해 주기도하나, 다분히 논쟁의 여지가 있는 문서로 인해 갈등에 부딪히기도 했다(1986년 연합감리교의 “창조 세계의 보호”, 혹은 1986년 미국 로마 가톨릭 주교의 “경제에 관한 편지”. 이와 비슷하게, 그러나 좀 더 분명한 한계를 가지고 바티칸이 먼저 해방신학의 수용 기준을 설정했고, 자유와 해방의 문제를 긍정적으로 이해하기 위한 상한선을 그었다.
최근 사회학자들은 갈등의 전형적인 형태를 제시했다. 그들은 이미 알려진 가치관의 범위에서 일어나는 갈등과 극단적으로 융합될 수 없는 다른 이견에서 야기되는 갈등을 구분했다.
그들은 사회생활을 위한 갈등의 적극적인 의미와 이 갈등을 해소하는 여러 방법을 고안해 냈다. 이런 연구 가운데 어떤 것은 초대 교회가 지닌 갈등의 문제를 이해하는 데 적용될 수 있었다.
그러나 교회나 에큐메니칼 운동은, 내적인 갈등과 사회와의 관련 속에서 일어나는 갈등을 다루는 연구로 인해 얻어지는 통찰력으로부터는 도움을 받을 수 없었다고 보는 것이 일반적인 것이다.
